Esistono molteplici meccanismi tramite cui i batteri possono sviluppare la resistenza ad antibiotici:
1) Alcuni batteri sviluppano l’abilità di neutralizzare antibiotici in maniera spontanea, in seguito alla mutazione casuale del proprio materiale genetico.
2) In altri casi, batteri non patogeni portatori del gene di resistenza, sono in grado di trasmettere il gene stesso a batteri patogeni, che svilupperanno cosi a loro volta la resistenza.
3) Inoltre, l'esposizione ad antibiotici può indurre una vera e propria selezione naturale tra i batteri. Durante un trattamento con antibiotici può capitare che i batteri più sensibili vengano eliminati, ma se anche un solo battere fosse in grado di sopravvivere e moltiplicarsi, esso potrebbe dare vita ad un intero ceppo batterico resistente.
Purtroppo spesso gli antibiotici sono assunti o somministrati in quantità e modalità non appropriate
L'uso improprio di antibiotici avviene solitamente nell'automedicazione, se ad esempio vengono assunti per contrastare un semplice raffreddore o un mal di gola, nelle strutture sanitarie, dove a volte vengono prescritti con eccessiva facilità, e anche nelle catene di distribuzione alimentare, dove vengono utilizzati, oltre che nella profilassi antibatterica, anche come additivi promotori della crescita sia in allevamento che in agricoltura.