La maggior parte delle diarree acute è autolimitante e non necessita di trattamento antibiotico.
Tuttavia, gli antibiotici sono indicati per alcune sindromi diarroiche infettive:
-Copertura antimicrobica empirica in caso di sospetta diarrea del viaggiatore: ciprofloxacina, 500 mg per via orale due volte al giorno; levofloxacina, 500 mg per via orale una volta al giorno; o trimetoprim-sulfametossazolo (Bactrim SS), 1 compressa per via orale due volte al giorno × 7 giorni.
-Giardia: metronidazolo (Flagyl), 250 mg per os (PO) tid x 7 giorni
-C. difficile: Flagyl, 500 mg PO tid x 10-14 giorni
-Salmonella: antibiotici controindicati a meno che non si sia gravemente malati, si sia anamnesi di anemia falciforme, si sia anziani o bambini molto piccoli
-Amebiasi: Flagyl, 750 mg PO tid x 10 giorni, poi paromomicina, 500 mg PO tid x 7 giorni, o iodochinolo, 650 mg PO tid x 20 giorni per eliminare i trofozoiti
-E. coli O157:H7: evitare antibiotici (possono aumentare il rischio o peggiorare la sindrome emolitico-uremica)