Alcuni studi epidemiologici hanno collegato la soppressione acida ad un aumentato rischio di fratture ossee o polmoniti acquisite in comunità
Ma, non c'è alcuno screening definitivo che sostenga la decisione di evitare la soppressione acida a causa di questi effetti collaterali
Alcuni studi, ma non tutti, hanno evidenziato prove che dimostrano una diminuita efficacia del clopidogrel, quando associato con i PPI.
Non dovrebbe comunque essere raccomandato l'uso concomitante di clopidogrel e omeprazolo.
L'uso a lungo termine del PPI è stata associato ad ipomagnesiemia
L'uso dei PPI è un fattore di rischio per la diarrea Clostridium difficile-correlata